Il existe très peu de sources historiques sur les juifs des régions à dominance berbère. James Richardson, militant antiesclavagiste britannique, visitant le Maroc en 1840, a été le premier à désigner les juifs de l'Atlas comme des juifs "shelouh", parlant berbère et dont les coutumes et les caractéristiques étaient les mêmes que celles de leurs voisins non juifs.D'après des visiteurs européens du XIX siècle, ces communautés se revendiquent comme juifs de l'ancien Israël avec une distinction entre juifs espagnols et juifs autochtones que les juifs du Maroc eux-mêmes mentionnent par les termes "expulsés" et résidents" (megorashim et toshavim).C'est sous le Protectorat français que l'image des juifs berbères va être définitivement établie.  

La découverte des juifs berbères. Au début du XX siècle, Nahum Slouschz va étudier sérieusement l'histoire des communautés vivant dans les régions intérieures du Maghreb: il pensait que pendant les siècles précédant l'expansion arabe en Afrique du Nord, les juifs originaires de Palestine s'étaient répandus parmi la population berbère, et en étaient devenus un élément dominant. Durant l'époque coloniale, ses opinions sur les origines berbères des juifs vont avoir force de loi.

Paul Wexler aboutit à la conclusion que la grande majorité des juifs sépharades descendrait d'habitants d'Afrique du Nord, convertis au judaïsme et installés en Espagne: il en découlerait que la plupart des juifs marocains (toshavim comme megorashim) descendraient de berbères convertis.La première source historique évoquant des tribus juives berbères date du XIV siècle: c'est le Kitab al-Ibar d'Ibn Khaldoun.  Relations judéo berbères Certains écrivains de la période coloniale considéraient la situation des juifs parmi les berbères, meilleure que parmi les arabes :en effet, les juifs étaient entièrement intégrés à la société berbère et partageaient beaucoup de leurs coutumes. Chez les berbères disposant d'institutions démocratiques, chaque juif avait son patron; au contraire, dans les régions où prévalait le régime des shaykhs, les juifs leur appartenaient corps et biens.

On a tendance à considérer les relations judéo berbères comme une extension des relations entre les chefs de tribus et leurs protégés juifs.  Le colonialisme et la question judéo berbère. La politique coloniale française visait à séparer les Berbères des Arabes : les Berbères indigènes du Maroc résistaient aux arabes et à toute forme d'autonomie centrale; ils conservaient intactes ou presque leurs coutumes, leurs croyances, et leurs superstitions préislamiques. Ils auraient "produit" leurs propres chefs marabouts et gardé le culte des saints.Les autorités françaises ont cru que les anciennes zones "siba" pourraient être assimilées à leur culture afin d'empêcher les progrès de l'arabisation. Ces stéréotypes sur les Berbères furent reproduits à l'égard des juifs vivant parmi eux.Les juifs marocains ayant reçu une éducation française considéraient comme marginaux les juifs du Haut Atlas, du Sous et du Sahara.